余姓（Yú）的来源比较多，但最常见、最有代表性的说法是：源于春秋时期秦国大臣“由余”，其后代以祖先名字中的“余”为姓。
主要起源可概括为以下几类：
1. 出自由余之后，以祖名为姓
春秋时期，秦穆公手下有一位著名贤臣叫由余。他原本与晋国、西戎一带有关，后来受到秦穆公重用，为秦国强盛立下功劳。由余的后代中，有人取其名中的“余”作为姓氏，这被认为是余姓的重要来源之一。
2. 出自姬姓，与周代贵族后裔有关
有说法认为由余一支可追溯到周族姬姓后裔，因此部分余姓也被认为与姬姓有渊源。古代很多姓氏会从国名、祖名、封地等演变而来，余姓也属于这种情况。
3. 由其他姓氏改姓而来
历史上也有一些家族因避难、避讳、迁徙等原因改为余姓。例如有些“佘”姓或其他相近姓氏，在不同地区、不同历史时期可能改作“余”。
4. 少数民族汉化改姓
随着民族融合，一些少数民族在改用汉姓时，也有人选择“余”作为姓氏，如满族、苗族、土家族、蒙古族等族群中都有余姓分布。
另外要注意，“余”作为姓氏在繁体字中仍写作“余”，不是“餘”。“餘”主要表示“剩余”的意思，而姓氏一般写“余”。
余姓最主要的起源说法是：春秋秦国名臣由余之后，后人以“余”为姓，后来又融合了改姓、民族汉化等多种来源。