呼格吉勒图案中关于“血迹”的争议是案件的核心疑点之一，也是导致冤案的重要原因。以下是综合案件细节的分析：
1. 血迹来源的指控
根据当年警方提供的证据，呼格吉勒图的左手拇指指甲缝中检测出O型人血，与被害人杨某某的血型一致（杨某某为O型，呼格本人为A型）。这一发现被作为呼格吉勒图实施犯罪的“铁证”之一，并被用于支持其有罪判决。
2. 血迹的争议与疑点
科学证据的局限性：血型鉴定属于种类物鉴定，仅能证明呼格吉勒图与被害人血型相同，但无法唯一指向其作案。再审时法院明确指出，此类证据“不具有排他性”，不能单独作为定罪依据。
现场勘查的矛盾：据参与现场勘查的警察回忆，被害人身上并无明显伤口，且现场未发现呼格吉勒图与被害人直接接触的证据。指甲缝中血迹的来源存在疑问，甚至被质疑可能是伪造。
物证保存问题：案件中本应对精斑等关键物证进行DNA鉴定，但相关物证在后续复查中“莫名丢失”，导致无法进一步验证血迹的真实性。
3. 血迹与刑讯逼供的关联
呼格吉勒图的供述存在反复，其有罪供述被指为刑讯逼供的产物。审讯期间，警方曾连续审讯其60小时，并采取威胁、诱供等手段迫使其认罪。再审时法院认定，呼格吉勒图的供述与尸体检验报告存在多处矛盾（如死者身高、伤口位置等），进一步削弱了血迹证据的可信度。
4. 再审判决的结论
2014年内蒙古高院再审时明确推翻原判，理由包括血迹证据的不可靠性。法院指出：
> “血型鉴定为种类物鉴定，不具有排他性、唯一性，不能证实呼格吉勒图实施了犯罪行为。”
呼格吉勒图指甲中的血迹被认为是当年办案人员急于定案、忽视科学证据的典型表现。在缺乏DNA鉴定和物证链完整性的情况下，这一证据被错误放大，最终成为冤案的重要推手。案件的也推动了中国司法对物证科学性和程序合法性的反思。