在《火影忍者》及续作《博人传》中，轮回眼的颜色随着持有者身份和能力的不同呈现多样化：
1. 紫色：
这是最经典的轮回眼颜色，代表正统的六道之力。六道仙人、宇智波斑、长门、佐助的轮回眼均为紫色。其中，佐助的左眼为特殊的紫色六勾玉轮回眼，融合了写轮眼和轮回眼的特性。
2. 红色：
主要见于大筒木一族本家成员，如大筒木桃式和浦式。桃式的双手拥有红色轮回眼，可吸收并反弹忍术；浦式则能通过白眼切换为红色六勾玉轮回眼。
3. 金色：
大筒木桃式和浦式在强化形态下开启的轮回眼。桃式吸收金式后额头和双手的轮回眼变为金色，浦式则在吞食自身轮回眼后开启金色轮回眼，象征更高阶的查克拉操控能力。
4. 蓝色：
目前仅大筒木浦式展现过蓝色轮回眼，其能力可短暂预知未来，是轮回眼中罕见的战术辅助型瞳术。
5. 灰色：
宇智波斑的轮回眼颜色较普通紫色更接近灰色，但属于同一色系。
六道轮回眼与普通轮回眼的区别
1. 起源与持有者：
六道轮回眼：特指六道仙人（大筒木羽衣）的轮回眼，是忍界所有轮回眼的源头，象征创世与灭世之力。
普通轮回眼：包括因陀罗转世者（如斑、佐助）或大筒木一族通过其他方式开启的轮回眼，如长门移植斑的轮回眼、浦式通过吞噬查克拉果实获得等。
2. 颜色与形态：
六道轮回眼为紫色，形态为标准轮回眼的波纹状。
普通轮回眼颜色多样（如红、蓝、金），部分可能伴随勾玉（如佐助的六勾玉）或切换形态（如浦式的白眼切换）。
3. 能力差异：
六道轮回眼：具备完整的阴阳遁之力，可通灵历代影的灵魂、赋予他人六道之力（如佐助的六勾玉轮回眼）、操控外道魔像等。
普通轮回眼：能力受限于持有者身份或移植条件。例如，长门和带土无法使用斑的专属瞳术“轮墓·边狱”，大筒木桃式的金色轮回眼则侧重查克拉吸收与强化。
4. 开眼条件：
六道轮回眼由神树果实直接赋予，无需通过写轮眼进化。
普通轮回眼需通过写轮眼进阶（如斑融合因陀罗与阿修罗之力）或大筒木一族吞噬查克拉果实获得。
六道轮回眼作为轮回眼的起源，是紫色波纹形态，象征最纯粹的六道之力；而普通轮回眼因持有者身份或外力干预呈现多种颜色和特性，部分能力可能更侧重战术或查克拉操控。两者的核心差异在于起源层级和能力上限，六道轮回眼仍被视为“瞳术顶点”。